Nació el 5 de julio de 1845, en el pueblo de Carranco, San Luis Potosí.

Realiza estudios magisteriales y se relaciona con intelectuales liberales de la época. Se inclina por la labor periodística, primero trabaja para diversos diarios, pero más tarde funda diversos diarios como "El Sufragio Libre", "El Cascabel", el "Monitor Republicano" y "El Diario del Hogar".

De filiación liberal defiende a través de sus artículos la libertad de expresión, por tal motivo sufrió persecuciones y varias ocasiones fue encarcelado. Así como creía en el libre ejercicio de la opinión, también defendía los principios democráticos y se oponía a la reelección. Desde el gobierno de Benito Juárez hasta la dictadura de Porfirio Díaz, Filomeno Mata tuvo una presencia crítica.

Como político, fue diputado en 1879, participa en el Grupo Liberal Reformista y forma parte del Primer Congreso Liberal.

Falleció en la ciudad de Veracruz, el 2 de julio de 1911.