Nace en Sevilla, España en 1762.

Estudia la carrera militar y llega a ser Teniente general. También ocupa un alto cargo en la masonería española.

En 1821 lo nombran Capitán General y lo envían como virrey a gobernar Nueva España. Juan O Donojú, el último virrey de Nueva España, era un hombre de ideas liberales y filantrópicas, es por ello que los diputados mexicanos pidieron que fuera enviado como jefe político al país.

Al llegar a Nueva España se percata de la verdadera dimensión del movimiento independentista; la gran mayoría de la población desea separarse de la Corona y la lucha armada sigue sin parar.

A pesar de no estar facultado por la Corona de España, decide firmar los Tratados de Córdoba y realiza una excelente labor con el ejército realista para que depongan las armas y reconozcan al ejército Trigarante. O Donojú no deseaba más derramamiento de sangre, por lo que capitula y junto con otras 37 personas forma la Junta Provisional Gubernativa, encabezada por Agustín de Iturbide.

El 28 de septiembre de 1821, esta Junta Gubernativa redacta el Acta de Independencia.

Enfermó de un padecimiento pulmonar y murió el 8 de octubre de 1821, siendo sepultado con los honores de Virrey en la Catedral de México.