 Nace el 14 de julio de 1772, en Valladolid (ahora Morelia), Michoacán. Realiza estudios en Leyes en la Universidad de México y posteriormente, en 1806, ingresa al ejército como Teniente de Regimiento de Infantería de la Corona.
Tiene un encuentro con Ignacio Allende y Juan de Aldama y decide unirse a ellos para llevar a cabo el movimiento de Independencia. En 1809 es descubierta la Conspiración de Valladolid en la que Michelena participaba. Es hecho prisionero y después liberado al argumentarse que en la reunión se planeaba la protección de la Nueva España en caso de que Napoleón invadiera España. Como una medida de precaución lo envían a España para servir al ejército real en 1813, donde luchó contra los franceses.
Vuelve a México al final de la Guerra de Independencia, se adhiere al Plan de Casamata para lograr la abdicación de Iturbide. El Congreso decide que un triuvirato se encargue del poder ejecutivo, pero Michelena en realidad sustituye a los elegidos y maneja el gobierno hasta 1824 que deja el poder en manos de Nicolás Bravo. Más tarde, en 1837, ocupará el puesto de secretario de Guerra y Marina. Un dato muy importante es que Michelena introduce al país el rito yorkino de la masonería. José Mariano
Michelena fue uno de los pocos precursores de la Independencia que pudieron ver su consumación y vivir en el México independiente.
Retirado de la Política descansó en su Hacienda en Uruapan, Michoacán, donde introdujo por primera vez el café en México, con plantas traídas de Moka, Arabia.
Murió en Morelia, Michoacán, el 10 de mayo de 1852.
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