Nace en la ciudad de México en 1770.

Decide dedicarse a la vida religiosa y más tarde se recibe como bachiller en Artes y teólogo.

En 1796 es ordenado sacerdote y asignado como cura en algunas iglesias de la capital. Como sacerdote, estaba en contacto con la gente del pueblo, por lo que descontento por las injusticias, simpatizó con las ideas insurgentes y luchó por la independencia de Nueva España.

Se une a la campaña de José María Morelos, y es considerado como su brazo derecho. Participó en numerosas batallas, organizando su ejército y logrando vencer a los realistas; es famosa su participación en el Sitio de Cuautla, en Morelos.

Su tropa es derrotada en el ataque a Valladolid (hoy Morelia), Mariano Matamoros es capturado el 5 de enero de 1814 y un mes más tarde resultó fusilado.