Nace en San Antonio Eloxochitlán, Oaxaca, el 16 de septiembre de 1873. Hijo de una familia humilde de tradición liberal, el segundo de tres hermanos. Sus padres fueron Margarita Magón (de origen mestizo) y Teodoro Flores, un indígena náhuatl que combatió en contra de la invasión estadounidense; en la Guerra de Reforma.

Fue un escritor e ideólogo político y luchador social incansable. Iniciador del movimiento revolucionario, participa en la preparación del levantamiento en 1910.

En 1900 funda el periódico "Regeneración", desde el cual Ricardo y sus hermanos Enrique y Jesús, critican el gobierno porfirista y las grandes desigualdades en la sociedad.

En 1904 es expatriado por el contenido de sus artículos y se refugia en los Estados Unidos. Más tarde, en 1906, participa en la organización del Partido Liberal Mexicano. Flores Magón se retira del movimiento maderista, por considerar que Madero tenía actitudes burguesas.

El 16 de marzo de 1918 publicó en Regeneración junto con Librado Rivera un manifiesto dirigido a los anarquistas del mundo, el cual motivó que ambos fueran encarcelados y sentenciados a 21 años de prisión en la penitenciaria de Mc Neil Island, en el estado de Washington, acusados de sabotear el esfuerzo bélico de Estados Unidos, que en ese entonces participaba en la Primera Guerra Mundial.

Muy enfermo fue trasladado de Mc Neil Island a la prisión militar de Leavenworth, Kansas, en donde falleció el 21 de noviembre de 1922. Su cuerpo fue embalsamado y trasladado a México con el auspicio del Sindicato de Trabajadores Ferrocarrileros para sepultarlo.