Nace en Sevilla, España en 1532. Realiza estudios de Medicina y en 1557 llega a la Nueva España.

Es el primer médico titulado en el país, obtiene su grado en 1567. Más tarde se ordena como sacerdote y dedica toda su vida al ejercicio de su carrera.

Realizó dos obras que son fundamentales para el estudio de la historia de la medicina en México: Tratado breve de anatomía y cirugía, y de algunas enfermedades, que más comúnmente suelen haber en esta Nueva España, y el Tratado Breve de Medicina y de todas las enfermedades hecho por el padre Fray Agustín Farfán.

Este libro se publicó en 1592 y básicamente era un manual para los habitantes de los pueblos alejados, donde no había hospitales ni boticas.

En sus obras se observa la influencia indígena sobre la ciencia médica europea de su tiempo, que muestra la manera en que las creencias mágicas y la ciencia se unían para aliviar las enfermedades. Murió en México en el año 1604.