Nace en Motul, Yucatán el 8 de noviembre de 1872. Fue el segundo de 14 hijos del matrimonio formado por Justino Carrillo y Adela Puerto.

Fue periodista y un defensor de los derechos indígenas, por su acción social se le llamo el "apóstol de la raza". En su ciudad natal fundo un periódico llamado el Heraldo de Motul, en el que denunciaba los abusos de los gobernantes y hacendados.

En su lucha por las reformas sociales, se une al movimiento maderista en 1910. Milita con los zapatistas y más tarde, en 1920, apoya a Álvaro Obregón.

Fue miembro del Partido Comunista y después del Partido Socialista Obrero, mismo que dirigió en 1917.

Este partido cambió de nombre a Partido Socialista del Sureste, y en 1918 obtuvo el triunfo presidiendo la legislatura local. Carrillo Puerto llegó a ser gobernador de Yucatán en 1922, su primer discurso oficial fue en lengua maya. Su gestión como gobernador se caracterizó por el progreso de las clases pobres y la defensa de los mayas.

Felipe Carrillo Puerto muere ejecutado el 3 de enero de 1924, en el Cementerio General de Mérida, Yucatán junto con 11 personas, entre ellas 3 de sus hermanos. Cuando triunfa la rebelión de la huertista en Yucatán. Sus convicciones socialistas tuvieron influencia en la elaboración de leyes de previsión social, del trabajo, de la educación popular, de los derechos femeninos y del control natal.

En 1927 el "apóstol de la raza de bronce" fue declarado benemérito de Yucatán.